Enstitümüz 2008-2009 eğitim öğretim yılından itibaren eğitime başlamıştır. Fen Bilimleri Enstitüsü 2547 Sayılı Kanun’un 19. Maddesinin 2880 Sayılı Kanunla Değişik 35. Maddeleri ile “Lisanüstü Eğitim-Öğretim Enstitüleri Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği” ve “Lisansüstü Eğitim-Öğretim Yönetmeliği” hükümleri çerçevesinde lisansüstü eğitim-öğretim faaliyetlerini yürütmekle görevlidir. Öncelikli amaçları arasında Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi’ne öğretim elemanı yetiştirmekle birlikte, Nevşehir ili ve çevresine kaliteli insan gücü yetiştirme amacı da mevcuttur. İlmi metotlardan haberdar, mevcut bilgileri toplum lehine yorumlama kabiliyeti ile teçhiz olmuş yetenekli insan gücü ile bölge ve ülke kalkınmasının emrinde olacaktır.
Misyonumuz
Enstitümüzün misyonu; üniversitelere, diğer kamu ve özel sektörlere, sanayi ve üretim merkezlerine, bilimsel ölçütlere göre eğitilmiş yeni bilgilerle donanımlı elemanlar yetiştirmektir. Bu amaç doğrultusunda; yurt içi ve yurt dışı kurumlarla işbirliğine önem verir, nitelikli öğrenci kabulünün ve sayısının artmasını destekler, lisansüstü eğitim için gerekli her türlü alt yapının oluşumu için gayret sarf eder, yapılacak tez çalışmalarının ülkemiz önceliklerine yönelik olmasını ve projelerle desteklenmesini teşvik eder, lisansüstü öğrencilerin disiplinler arası yetişmesini sağlayacak şekilde düzenlemeler yapar ve teşvik eder. Ayrıca, disiplinler arası araştırma faaliyetlerinin zenginleşmesi için kamu ve özel sektörler ile ortak projeleri destekler.
Vizyonumuz
Toplum için üstün nitelikli ve araştırma yetenekleri gelişmiş, yaratıcı, girişimci, takım çalışmasına yatkın profesyoneller ile araştırmacıları evrensel standartlarda yetiştirmeyi ve bunun gereği olan, lisansüstü eğitim alan bireylerin analitik ve inovatif düşünce yeteneklerinin geliştirilmesiyle beraber bilimsel ve teknolojik gelişim için bilgiye ulaşmayı, bilimsel ve pratik üretkenliğin artırılmasını ve öncelikli olarak, ülkemizin kalkınmasına ve dünya bilimine katkı sağlayacak araştırmaların yapılmasını hedefler.